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Déséquilibre de liaison


Je veux savoir quelles plages de valeur peut prendre D' en déséquilibre de liaison ? Parce que j'ai lu dans mon livre (Une introduction à la génétique des populations par Nielsen et Slatkin) que D' est garanti entre 0 et 1. Alors que sur le lien fourni ci-dessous, il est dit que D' peut être compris entre -1 et 1.

http://csg.sph.umich.edu/abecasis/class/666.03.pdf

Quelqu'un pourrait-il expliquer cet écart ? Parce que maintenant je suis totalement confus.


Tout l'intérêt d'utiliserRÉ'plutôt quec'est parce queRÉ'est limité entre -1 et 1 pour toute fréquence allélique, tandis que les limites pourdépend de la fréquence allélique d'intérêt.

Rappelons la définition de

$$D = p_{ab} - p_ap_b$$

Soit $D_{min}$ et $D_{max}$ les valeurs minimale et maximale de $D$ pour une fréquence allélique spécifique.

Pour $p_a = p_b = 0.5$, le $D_min$ est quand $p_{ab} = 0$ ($D_{min} = -0,25$) et $D_{max}$ quand $p_{ab} = 1$ ($D_{max}=0.75$).

Pour $p_a = 0,8$ et $p_b = 0,2$, le $D_min$ est quand $p_{ab} = 0$ ($D_{min} = -0,16$) et $D_{max}$ est quand $p_ {ab} = 0,2$ ($D_{max}=0,04$).


Déséquilibre de liaison

Le déséquilibre de liaison (LD) fait référence à la corrélation entre les allèles voisins, reflétant l'ascendance haplotype commune. Dans la nature du 10 mai, Reich et al. décrivent une analyse systématique à l'échelle du génome de la LD au sein des populations humaines (La nature 2001, 411:199-204). Ils ont analysé 19 régions chromosomiques aléatoires, dont chacune se concentre autour d'un noyau SNP (polymorphisme de longueur unique) dans la région codante d'un gène. Un séquençage approfondi de 44 individus de l'Utah a identifié 272 SNP « haute fréquence » à 0-160 kilobases (ko) du SNP principal. Les auteurs ont mesuré la DL entre deux SNP en utilisant la statistique classique D'. Ils ont constaté que le LD « demi-longueur » (la distance à laquelle la valeur moyenne D’ tombe en dessous de 0,5) était d'environ 60 ko, nettement plus long que les prédictions précédentes. Des estimations de DL similaires ont été trouvées pour les populations américaines et nord-européennes, mais étaient nettement plus courtes (demi-longueur de moins de 5 kb) dans une population nigériane. Les auteurs proposent que l'analyse LD à grande échelle puisse être appliquée à la cartographie des gènes de la maladie et à l'étude de l'histoire de la population.


Études de déséquilibre de liaison et d'association chez les plantes supérieures : état actuel et perspectives d'avenir

Au cours des deux dernières décennies, les marqueurs moléculaires basés sur l'ADN ont été largement utilisés pour une variété d'études dans les systèmes végétaux et animaux. L'une des principales utilisations de ces marqueurs est la construction de cartes moléculaires à l'échelle du génome et l'analyse génétique de traits simples et complexes. Cependant, ces études sont généralement basées sur une analyse de liaison dans la cartographie des populations, ce qui limite sérieusement l'utilisation de marqueurs moléculaires pour l'analyse génétique dans une variété de systèmes végétaux. Par conséquent, des approches alternatives ont été suggérées, et l'une de ces approches utilise une analyse d'association basée sur le déséquilibre de liaison (LD). Bien que cette approche d'analyse d'association ait déjà été utilisée pour des études sur la génétique de traits complexes (y compris différentes maladies) chez l'homme, son utilisation chez les plantes vient de commencer. Dans la présente revue, nous définissons et distinguons d'abord la LD et la cartographie d'association, puis décrivons brièvement diverses mesures de la LD et les deux méthodes de sa description. Nous donnons ensuite une liste des différents facteurs qui affectent la LD sans les discuter, et discutons également des enjeux actuels de la recherche sur la LD chez les plantes. Plus tard, nous décrivons également les diverses utilisations de la LD dans la recherche en génomique végétale et résumons l'état actuel de la recherche sur la LD dans différents génomes végétaux. Enfin, nous discutons brièvement des perspectives d'avenir de la recherche LD chez les plantes, et donnons une liste de logiciels utiles à la recherche LD, qui est disponible sous forme de matériel électronique supplémentaire (ESM).


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De la couverture arrière

Alors que les chercheurs continuent de faire d'énormes progrès dans la cartographie des gènes des maladies, des analyses passionnantes, nouvelles et complexes ont émergé. Dans Linkage Disequilibrium and Association Mapping: Analysis and Applications, des scientifiques du monde entier, qui sont des leaders dans ce domaine, apportent leur vaste expérience et leur expertise pour produire un texte complet et fascinant pour les chercheurs et les cliniciens.

Le volume comprend quatre sections générales : la première présente une vue d'ensemble et une base historique du sujet. La deuxième section examine la méthodologie en développement et les résultats récents d'études qui ont caractérisé la structure du déséquilibre de liaison à l'échelle du génome de manière extrêmement détaillée. La section suivante examine tous les aspects de la méthodologie de cartographie des associations de maladies, et les deux derniers chapitres passent en revue les premiers succès dans la cartographie des gènes impliqués dans deux des maladies humaines les plus importantes : l'asthme et le diabète de type 2.


Discussion

Il est difficile de caractériser les modèles de blocs LD et haplotypes dans deux ou plusieurs populations croisées aléatoires non apparentées sur la base d'une carte LD et de deux mesures de déséquilibre de liaison. Sur la base d'études du modèle LD dans les populations humaines, les cartes LD ont démontré que les chromosomes humains ont un modèle de régions de LD étendue (plateaux ou points froids), espacées de régions à taux de recombinaison élevé (étapes ou points chauds) [25, 26 ]. Les deux régions sont variables en nombre et en longueur, et les points froids présentent un DL égal (comme supposé dans cette étude) ou similaire dans les UDL. Les points chauds présentent des UDL distinctes. Le même schéma a été observé dans les cartes LD des chromosomes de la population biparentale, élaborées sous haute densité comme recommandé par Pengelly et al. [25]. Pour mieux comprendre le niveau de LD dans les points chauds et froids, nous avons analysé deux segments extrêmes de la carte LD du chromosome 1, dont 30 SNP. Les deux segments ont des longueurs similaires en LDU (4,1 et 3,6) et en kb (970 et 828). La moyenne |D'| était beaucoup plus élevée pour les SNP dans les sept points froids (dont trois à 12 SNP) par rapport à la valeur moyenne des SNP dans les 21 points chauds (dont deux à trois SNP) (0,89 contre 0,29). Cependant, cela n'a pas été vérifié via la statistique r 2 (0,004 contre 0,038).

Lorsque l'on compare des populations qui partagent une origine commune, ont une taille de population effective similaire et n'ont pas fait face à une réduction extrême de la taille (goulot d'étranglement de la population), les statistiques D, D' et r 2 devraient fournir une caractérisation comparable du modèle LD si il existe des fréquences alléliques similaires. Si les populations ont des distributions distinctes de fréquences alléliques, D' peut être utilisé pour analyser l'historique de recombinaison, et r 2 devrait être le choix si la recombinaison et la mutation sont des facteurs importants affectant la LD [1]. Cependant, au cours des deux dernières décennies, la plupart des études sur la LD dans les populations humaines ont visé à sélectionner des populations et des SNP (tagging SNP) pour des études d'association [26, 27]. En général, les deux |D'| et r 2 ont été utilisés [27, 28], et en raison de leur niveau élevé de LD, des populations isolées ont été recommandées pour les études d'association [29]. La statistique r 2 est la plus pertinente pour la cartographie des associations car elle a une relation inverse simple avec la taille de l'échantillon requise pour détecter l'association [1]. L'utilisation de cartes LD et de deux mesures de LD pour comparer les populations de pop-corn a fourni des résultats contrastés, mais la preuve générale est que le synthétique est la population avec le LD le plus élevé. Comme prévu, la moyenne inférieure |D'| valeur dans la population reproductrice reflète son histoire de recombinaison. Les populations synthétiques et biparentales ont présenté une moyenne |D'| supérieure. et une fréquence plus élevée de SNP avec un |D'| élevé car ils n'ont pas d'historique de recombinaison.

En raison des différences concernant le type et la densité des marqueurs moléculaires, la taille de l'échantillon et la couverture du génome, la comparaison des valeurs de DL des populations humaines, animales domestiquées et végétales doit être effectuée avec prudence, même lorsque les études impliquent la même espèce. Nous avons été surpris par les faibles valeurs moyennes de r 2 et la fréquence réduite des SNP avec des valeurs de r 2 supérieures à 0,25 (défini comme LD utile dans certaines études) dans les populations de pop-corn. Dans l'étude de Yan et al. [30], impliquant 632 lignées autofécondées de maïs et 943 SNP (densité d'un SNP chacun 2 121 kb), le r 2 moyen n'était que de 0,009. Cependant, pour les SNP séparés jusqu'à 100 kb, la moyenne était de 0,2 (0,03, 0,09 et 0,10 pour les populations biparentales, synthétiques et reproductrices, respectivement). Des valeurs de DL encore plus élevées ont été signalées dans la population de maïs NAM (Nested Association Mapping) [31] et dans deux populations biparentales et quatre FPM (quatre parents de maïs) étudiées par Anderson. et al. [9]. En général, les valeurs moyennes de r 2 observées dans les populations de pop-corn sont également inférieures aux valeurs observées dans les populations de bovins et de poulets (0,1 à 0,8 pour les SNP séparés jusqu'à 100 kb) [32-34]. La densité variait de 27,8 à 112,3 kb dans ces trois études. En utilisant une puce SNP 600K (densité d'un SNP par 6,3 kb), Pardo et al. [28] ont observé un r 2 médian par paires moyenné sur tous les chromosomes de 0,015 et 0,016 pour les populations hollandaise et HapMap-CEU, respectivement.

L'absence d'un critère uniforme pour définir la dégradation de la LD et l'étendue de la LD rend également difficile la comparaison des résultats avec les populations humaines, animales domestiquées et végétales. Angius et al. [26] ont utilisé la décroissance du LD comme distance sur laquelle le LD moyen diminue jusqu'à la moitié de sa valeur maximale (demi-longueur). Ils ont défini l'étendue du LD comme la distance sur laquelle le LD moyen diminue jusqu'à une valeur asymptotique. Anderson et al. [9] ont utilisé la décroissance LD comme la distance sur laquelle le r 2 moyen est tombé en dessous de 0,8, et l'étendue LD comme la distance sur laquelle le r 2 moyen est tombé en dessous de 0,2. Concernant la décroissance LD, nos résultats ont montré des différences entre les mesures LD et les populations. Il y avait de légères différences entre les chromosomes, mais la décroissance r 2 la plus élevée s'est produite après 5 à 10 kb (36 à 73 %). Yan et al. [30] ont observé une décroissance du LD de 64 % après 5 à 10 kb dans un panel de lignées consanguines, et le LD a atteint une valeur r 2 asymptotique approximative de 0,01 dans l'intervalle de 1 à 5 Mb (étendue de LD de 5 Mb). Une étendue de LD similaire (5 Mb) a été observée dans huit races de bovins, mais une décroissance de LD comparable (62 %) s'est produite le long de 100 kb [35]. À partir de l'analyse de segments d'un Mb dans tous les chromosomes des populations juives ashkénazes, caucasiennes et afro-américaines, Shifman et al. [36] ont observé des désintégrations de LD de 17, 21 et 42 % sur 10 kb, respectivement. Une étendue de LD similaire de 300 kb s'est produite dans les populations (atteignant une valeur approximative de r 2 asymptotique de 0,05).

S'il y a un LD plus élevé entre les QTL et les haplotypes qu'avec les SNP individuels, les blocs d'haplotypes peuvent fournir une puissance statistique substantielle dans les études d'association [6] et une précision accrue de la prédiction génomique des traits complexes [37]. Étonnamment, nos résultats ont mis en évidence que le nombre et la longueur des blocs d'haplotype et le nombre de SNP par bloc d'haplotype étaient proportionnels au r 2 moyen. Le critère de Gabriel et al. [6] semble fournir un nombre réduit de SNP par bloc d'haplotype. Dans une étude portant sur 235 variétés de soja génotypées par 5 361 SNP (densité d'un SNP par 208 kb), Ma et al. [38] ont observé en moyenne six SNP par bloc d'haplotype. Ceci n'est pas surprenant car le groupe de variétés correspondait à un panel de lignées pures (LD élevé). Dans des études avec des bovins Holstein allemands et quatre populations de poulets, le nombre moyen de SNP par bloc d'haplotype variait entre environ quatre et 10, et la longueur moyenne des blocs variait d'environ 146 à 799 kb [32, 33]. Un faible nombre moyen de SNP par bloc d'haplotype (environ 4 à 5) et des longueurs moyennes réduites des blocs d'haplotype (environ 5 à 7 kb) ont également été observés dans les populations humaines [6, 28]. Cependant, la taille de chaque bloc variait considérablement dans l'étude de Gabriel et al. [6], de moins d'un à 173 ko.

Concernant le faible LD intragénique et la taille minimale des blocs d'haplotypes observés dans les trois populations, nous pensons que le LD plus faible pour la population biparentale est dû au croisement de deux lignées consanguines de haute qualité génétiquement similaires. Parce qu'il n'y a pas d'informations sur les modèles de blocs LD et haplotypes dans les populations de base Viçosa et Beija-Flor, nous ne pouvons pas en déduire que les valeurs r 2 intragéniques moyennes plus élevées observées dans les populations synthétiques et reproductrices (pour 11 des 12 gènes) sont dues à la sélection pour la qualité. La caractérisation des patrons de blocs LD et haplotype concernant des régions chromosomiques spécifiques n'a été faite que par des généticiens humains, visant généralement le marquage SNP. À partir de l'analyse des SNP dans la région HLA sur le chromosome 6, Evseeva et al. [39] ont observé 18 blocs d'haplotypes dans les populations européennes, sur la base du critère de Gabriel et al. [6]. De plus, la DL était légèrement plus faible dans les populations du sud que du nord de l'Europe. En utilisant le même critère, Nuchnoi et al. [40] ont observé six et quatre blocs d'haplotypes dans une région de 472 kb sur le chromosome 5q31-33 dans les populations du sud-est (thaïlandais) et du nord-est asiatique (chinois et japonais). Akesaka et al. [41] ont identifié deux à six blocs dans les populations coréenne et japonaise, selon le critère d'un bloc LD, couvrant environ 3 à 47 ko. La valeur médiane de r 2 pour les cinq gènes de la région variait de 0,03 à 0,89.

En conclusion, le niveau de DL exprimé par les valeurs r 2 dans les trois populations de pop-corn avec des structures génétiques différentes - une population biparentale, une population synthétique et une population reproductrice - est faible mais comparable à certaines populations humaines non isolées. Cette découverte n'implique pas que ces populations ne peuvent pas être utilisées pour GWAS car il existe une fraction des valeurs r 2 élevées pour les SNP séparées par moins de 5 kb. Les populations ne sont pas non plus exclues pour la sélection génomique car le facteur le plus important affectant ce processus de sélection est la parenté entre les individus dans les ensembles d'entraînement et de validation. Cependant, nous ne nous attendons pas à un avantage significatif de la GWAS basée sur les haplotypes et de la sélection génomique le long des générations en raison du nombre réduit de SNP dans les blocs d'haplotypes (2 à 3). Les résultats sur la décroissance LD (pourriture rapide après 5-10 kb) et l'étendue de la décroissance LD (jusqu'à 300 kb) sont dans la gamme observée avec les panels de lignées consanguines de maïs. Notre résultat le plus important est que, comme les chromosomes humains, le maïs (le pop-corn est également Zea mays, mais ssp. éternel) les chromosomes ont également un modèle de régions à LD étendue (plateaux ou points froids), espacées de régions de faible LD (marches ou points chauds). Il convient de souligner, cependant, que notre carte LD simulée fournit la preuve que ce modèle peut refléter des régions avec des différences de fréquences alléliques et de niveau de LD (exprimé par D') et non des régions avec des taux de recombinaison élevés et faibles comme en témoigne Jeffreys. et al. [42], puisque le processus de simulation suppose un taux de recombinaison proportionnel à la distance en cM.


Structure génétique et déséquilibre de liaison dans une collection diversifiée et représentative de la plante modèle C4, Sorghum bicolor

Pour faciliter la cartographie des gènes dans le sorgho [Sorghum bicolor (L.) Moench] sous-jacents aux traits économiquement importants, nous avons analysé la structure génétique et le déséquilibre de liaison dans une mini collection de base de sorgho de 242 races locales avec 13 390 polymorphes mononucléotidiques. Les polymorphismes mononucléotidiques ont été produits en utilisant une méthodologie de génotypage par séquençage hautement multiplexée. La structure génétique a été établie à l'aide d'analyses en composantes principales, phylogénétiques de voisinage et de regroupement bayésien. Ces analyses ont indiqué que la mini-collection était structurée selon l'origine géographique et la classification des races de sorgho. Des exemples des premiers étaient les adhésions d'Afrique australe, d'Asie de l'Est et du Yémen. Des exemples de ces derniers étaient les caudatums à large répartition géographique, les durras d'Inde et les guinées d'Afrique de l'Ouest. La race bicolore, la race de sorgho la plus primitive et la moins clairement définie, s'est regroupée parmi d'autres races et n'a formé qu'un seul amas bicolore clair. Les analyses de déséquilibre de liaison à l'échelle du génome ont montré que le déséquilibre de liaison s'est détérioré, en moyenne, dans les 10-30 kb, alors que le bras court de SBI-06 contenait un bloc de déséquilibre de liaison de 20,33 Mb, confirmant un rapport précédent de faible recombinaison sur ce bras chromosomique. Quatre blocs de déséquilibre de liaison plus petits mais tout aussi significatifs de 3,5 à 35,5 kb ont été détectés sur les chromosomes 1, 2, 9 et 10. Nous avons examiné les gènes codés dans chaque bloc pour fournir un premier aperçu des candidats tels que les homologues de GS3 et FT qui peuvent indiquent un balayage sélectif pendant la domestication du sorgho.

Mots clés: Génotypage assisté par FseI SNPs en déséquilibre de liaison races sorgho.

Les figures

Scree plot des PC (axe X) et leur contribution à la variance (axe Y). Flèche…

Répartition des accessions de mini-noyaux de sorgho…

Répartition des accessions de mini-noyaux de sorgho sur la base de trois CP. Onze groupes ont été identifiés…

Arbre voisin-joignant du sorgho…

Arbre de Neighbor-Joining de la collection de mini-noyaux de sorgho basé sur 13 390 marqueurs SNP. Voir…

Analyse de STRUCTURE. (A) Probabilité postérieure,…

Analyse de STRUCTURE. (A) Probabilité postérieure, ln P ( ), en tant que fonction…

LD dans le bras court du chromosome 6 du sorgho. Les flèches indiquent le LD…

Blocs de déséquilibre de liaison spécifiques à la race dans…

Blocs de déséquilibre de liaison spécifiques à la race dans le sorgho. (A) Bloc SBI-01 LD spécifique à la race…


Déséquilibre de liaison - Biologie

En génétique des populations, déséquilibre de liaison est l'association non aléatoire d'allèles à deux ou plusieurs loci, pas nécessairement sur le même chromosome. Ce n'est pas la même chose que lien, qui décrit l'association de deux ou plusieurs loci sur un chromosome avec un nombre limité.
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lien déséquilibre ( ¦liŋkij dis′ēkwə′librēəm ) ( génétique ) L' apparition dans une population de certaines combinaisons d' allèles liés dans
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C'est là où lien déséquilibre vient: LD mesure essentiellement le . lien déséquilibre = mesure à l'échelle de la population des associations alléliques interlocus.
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L'étendue et la répartition des lien déséquilibre(LD) chez l'homme est un sujet . Seconde, lien déséquilibre les études seront les plus efficaces pour détecter .
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Des travaux récents ont montré que lien. déséquilibre peut s'étendre sur un génome beaucoup plus grand. un certain nombre d'études de lien déséquilibre autrefois .
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Lien déséquilibre se produit lorsque les génotypes des deux loci ne sont pas indépendants. terme lien déséquilibre est . Mesure lien déséquilibre .
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Caractéristiques de séquence dans les régions de faible et de fort lien déséquilibre . Les régions de haut et de bas lien déséquilibre (les quartiles supérieur et inférieur de .
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Lien déséquilibre La cartographie (LD) permet de localiser avec précision les gènes de faible effet . Abecasis GR, Cookson WO (2000) GOLD—présentation graphique de lien déséquilibre. .
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Modeler lien déséquilibre, MERLIN organise les marqueurs en clusters. . Ce fichier décrit des clusters de SNP dans lien déséquilibre. .
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Lien Déséquilibre. Si tous les polymorphismes étaient indépendants à . Lien déséquilibre rend étroitement lié. variantes fortement corrélées coût de production .
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Abréviations non standard utilisées : LD, lien déséquilibre LDU, unité LD SNP, . L, ε) prédire lien déséquilibre parmi m marqueurs dans une carte physique ou .
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Lien déséquilibre (LD), défini comme une association non aléatoire d'allèles à deux . 5. Lien déséquilibre dans les populations humaines et animales.
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Lien déséquilibre est un outil important à la fois aux étapes de fin de positionnel . inférence pour lien déséquilibre ne peut pas compter.
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. et le degré de lien déséquilibre dans le génome. Nous montrons que la variation de lien déséquilibre est . Lien déséquilibre est généralement faible à l'intérieur.
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En d'autres termes, il se produit lorsque lien déséquilibre est à zéro. . La généticienne Linda Partridge explique les concepts de lien équilibre et déséquilibre. .
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Lien déséquilibre entre deux loci liés a été étudiée pour un fini . Une interprétation généalogique de Lien Déséquilibre .
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. association allélique (également appelée lien déséquilibre) les études sont deux. Une telle articulation lien et lien déséquilibre la stratégie de cartographie a été .
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. ces valeurs de paramètre : lien équilibre. D, le coefficient de déséquilibre. Ajustez les fréquences alléliques initiales et les valeurs de fitness à deux locus à .
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Le financement a été fourni par une bourse NIGMS (GM007753) à NN et une bourse MHAAM à EH. DR est un chercheur du Howard Hughes Medical Institute. Ce travail a été financé par les subventions HG006399 et GM100233 des National Institutes of Health, par une subvention Allen Discovery Center de la Paul Allen Foundation et par la subvention 61220 de la John Templeton Foundation.

Nathan Nakatsuka et Éadaoin Harney sont les co-premiers auteurs.

Affiliations

Département de génétique, nouveau bâtiment de recherche, Harvard Medical School, 77 avenue Louis Pasteur, Boston, MA, 02115, États-Unis

Nathan Nakatsuka, Éadaoin Harney, Swapan Mallick, Matthew Mah et David Reich

Division des sciences et technologies de la santé Harvard-MIT, Harvard Medical School, Boston, MA, 02115, États-Unis

Département de biologie évolutive humaine, Université Harvard, 16 Divinity Ave., Cambridge, MA, 02138, États-Unis

Nathan Nakatsuka, Éadaoin Harney, Swapan Mallick, Matthew Mah, Nick Patterson et David Reich

Département de biologie organique et évolutive, Université Harvard, 16 Divinity Ave., Cambridge, MA, 02138, États-Unis

Broad Institute of Harvard et Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA, 02141, États-Unis

Howard Hughes Medical Institute, Harvard Medical School, Boston, MA, 02115, États-Unis

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Contributions

N.N., E.H., N.P. et D.R. conçu l'étude. N.N., E.H. et S.M. effectué l'analyse. N.N., E.H. et D.R. a écrit le manuscrit avec l'aide de tous les co-auteurs. Les auteurs ont lu et approuvé le manuscrit final.

Informations sur les auteurs

Pseudo Twitter : @EadaoinSays (Éadaoin Harney).

Auteurs correspondants


DISCUSSION

Nous avons converti le problème génétique de la décomposition du déséquilibre de liaison en un problème mathématique de décomposition des nombres entiers positifs en leurs parties additives, tout en conservant la définition heuristique pratique du déséquilibre de liaison total comme l'écart par rapport à l'indépendance. Contrairement à G eiringer (1944), nous pouvons écrire une formule explicite pour le déséquilibre de liaison multilocus parce que nous invoquons des partitions d'entiers et définissons 1(UNE) = Pr(UNE), fusionnant ainsi sa notion de déséquilibre de liaison avec celles de D ausset et al. (1978).

Une conséquence immédiate de notre approche de décomposition est que le seul coefficient d'ordre le plus élevé de déséquilibre de liaison, m, ne peut être examiné isolément. Parce que D n ( A k ( 1 ) , A k ( 2 ) , … A k ( n ) ) = ∑ sauf c = ( 1 , 1 , 1 , … , 1 ) toutes les compositions c de n [ Π ni ∈ c D ni ( … ) ] , nous devons examiner tous les coefficients de déséquilibre de liaison d'ordre inférieur, non (. ) avec mje < m. Tous les coefficients de déséquilibre de liaison indicés 1, 2, 3. m peuvent être indépendants les uns des autres et tous contribuent à m, que nous appelons donc déséquilibre total de liaison.

Les définitions multilocus du déséquilibre de liaison n'ont pas été très souvent utilisées dans les études empiriques en raison du grand nombre d'entrées et de coefficients de déséquilibre de liaison qui doivent être analysés (2 m - 1). Actuellement, même le déséquilibre de liaison de troisième ordre est rarement mesuré (T homson et B aur 1984). Cependant, les termes explicites pour le déséquilibre de liaison multilocus sont d'une importance théorique.

Une application théorique importante est l'analyse de l'épistasie multilocus. Cheverud et R outman (1995) ont développé un modèle d'épistasie physiologique à deux locus qui a été affiné par W agner. et al. (1998). Pour analyser les conséquences évolutives de l'épistasie dans ces modèles, il faut d'abord définir le déséquilibre de liaison pour un sous-ensemble des loci. Ainsi, pour étendre les modèles d'épistasie physiologique à plusieurs loci, nous devons d'abord définir le déséquilibre de liaison pour ce sous-ensemble de loci, ce que nous venons de faire. Les modèles d'épistasie multilocus seront cruciaux dans les débats sur les facteurs qui maintiennent les complexes de gènes coadaptés, augmentent la variance génétique additive et favorisent la spéciation (G oodnight 1988, 1995 Wade et G oodnight 1998).


Voir la vidéo: Q43. Énergie de liaison (Décembre 2021).